Theo đó, sử dụng cơ sở vật chất, trang thiết bị và nhân lực hiện có của bệnh viện Phổi tỉnh để vận hành bệnh viện COVID-19 số 1 tỉnh Thanh Hóa. Giám đốc bệnh viện Phổi Thanh Hóa chịu trách nhiệm toàn diện trong chỉ đạo, điều hành bệnh viện điều trị COVID-19 số 1 tỉnh Thanh Hóa. 

Hiện nay, tại bệnh viện điều trị COVID-19 số 1 tỉnh Thanh Hóa được bố trí thành 2 khu vực riêng biệt bao gồm khu vực thông thường và khu vực cách ly lây nhiễm, có cổng ra vào riêng. Khu vực thông thường là "vùng xanh" dành cho hoạt động điều hành, hành chính, hậu cần hỗ trợ cho khu vực điều trị COVID-19. Đồng thời, tiếp nhận, xử lý ban đầu đối với bệnh nhân cấp cứu thông thường khi có tình huống.

Khu vực cách ly lây nhiễm được phân thành "vùng vàng" và "vùng đỏ". "Vùng đỏ" là khu vực tiếp nhận, điều trị bệnh nhân COVID-19; "vùng vàng" là vùng đệm giữa khu vực cách ly và bên ngoài để cán bộ, nhân viên y tế ở khu vực vùng xanh hỗ trợ và làm công tác hậu cần cho khu vực điều trị. Trong khu vực điều trị bệnh nhân COVID-19 hiện nay được phân làm 3 tầng điều trị: khu vực điều trị bệnh nhân nặng, khu vực điều trị bệnh nhân trung bình, bệnh nhân nhẹ và khu vực cho bệnh nhân chuẩn bị xuất viện